1、申请购买手续不同。投资者购买储蓄国债（电子式），需开立个人国债账户并指定对应的资金账户后购买；投资者购买凭证式国债，不需开立个人国债账户，可使用现金或银行存款直接购买。

2、债权记录方式不同。储蓄国债（电子式）以电子记账方式记录债权，采取二级托管体制，由各承办银行总行和中央国债登记结算有限责任公司统一管理，降低了由于投资者保管纸质债权凭证带来的风险；凭证式国债债权采取填制“中华人民共和国凭证式国债收款凭证”的形式记录，由各承销银行和投资者进行管理。

3、投资者起息日不同。储蓄国债（电子式）从发行公告中规定的发行期开始日起息，即无论投资者在发行期哪一天购买，起息日统一为发行期开始日。凭证式国债从投资者购买当日开始起息。

4、付息周期和方式不同。储蓄国债（电子式）按年付息。财政部通过储蓄国债承销团成员，于付息日营业开始前向投资者资金清算账户足额支付当期利息。凭证式国债到期一次还本付息，利息在投资者办理兑付时支付；投资者于到期日后兑付凭证式国债，利息计算至到期日前一日止，逾期不加计利息。

5、到期兑付方式不同。储蓄国债（电子式）到期后，承办银行自动将投资者应收本金和利息转入其资金账户，转入资金账户的本息资金作为居民存款按活期存款利率计付利息；凭证式国债到期后，需由投资者前往承销机构网点办理兑付事宜，逾期不加计利息。

6、购买渠道不同。储蓄国债（电子式）可在银行柜台和部分网上银行销售试点银行购买；凭证式国债仅能在银行柜台购买。